目前主流蛋白質(zhì)芯片的信號檢測方式主要是熒光檢測形體系。 將蛋白質(zhì)芯片與熒光素標記的生物靶分子（核酸或蛋白質(zhì)等）進行雜交，洗脫未結(jié)合組分后通過共聚焦熒光掃描儀或CCD熒光成像儀在特定的波長下激發(fā)熒光，獲得反應(yīng)結(jié)合的信號。 對熒光標記的芯片用共聚焦熒光顯微鏡進行掃描，然后通過計算機分析出每個點的平均熒光密度。

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